有人说，公司股权设计的本质是通过一连串的合同实现公司控制权和利益平衡的游戏，那么这些“一连串的合同”——即股权设计的载体，目前最常见的就是股东协议和公司章程，我们又该如何选择和适用呢？

股东协议，泛指在公司设立前由各投资人（即股东）共同签署的有关公司设立、公司组织机构和运营，以及约定各投资人之间的利益分配等权利义务关系的协议。在具体名称上，股东协议有“协议书”、“投资协议”、“公司设立协议”等等。股东协议是公司股东为成立公司、明确各方之间的权利义务而签署的合同而签订的协议书。可见，股东协议的本质属于合同，受《合同法》的调整，且股东协议是约束股东内部关系的合同，股东以外的第三人不受该合同约束。

公司章程是公司的组织以及运行规范。我国《公司法》第十一条规定：“设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此，公司章程是公司的必备文件，并常常被认为是公司的根本法或“公司宪法”。

前文也提到股东协议是约束股东内部关系的合同，股东以外的第三人不受该合同约束，且股东协议并不要求披露，不具有公开性。而公司章程除了对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力外，还具有公开性和涉他性，经公示后对公司外部相关主体（如善意第三人）具有一定的利害关系。

股东协议一般不是必备的法律文件，主要依据当事人的意思表示形成，只对签署协议的股东具有约束力。而公司章程是必备性文件，任何公司成立都必须以提交公司章程为法定条件，需依法在工商登记部门备案。

相比于股东协议，公司章程在实现股东控制权上也有一些无可比拟的优势。《公司法》规定三分之二以上表决权通过即可修改公司章程，因此，大股东可以在减少小股东干预的情况下更好地实现自己的控制权。而股东协议的变更则需要经过全体股东一致同意方可修改，将会导致在修改股东协议的问题上，大小股东拥有同样的权利，不利于大股东控制权的实现。

而基于股东协议灵活自治的特点，其可以重新调整公司的表决权制度、董事选任制度等，故而投资人可以通过订立股东协议，将自身的意志切实贯彻执行到股东会、董事会等公司运转组织上，使公司能向着股东的价值追求前进。但基于各种原因，股东协议的许多内容并未被纳入或不便载入公司章程的约定内容。加之，工商行政管理部门要求按照其统一制定的样本格式起草公司章程，造成许多股东间特别约定的协议内容无法被载入公司章程。在此情况下，股东协议实际承担了公司章程之外的规则性协议的功能。

因此，公司章程和股东协议两者间的关系是并存的关系，而不是取代关系，也不是公司章程优先的关系。在公司章程制定后，股东协议仍有效，并视情况而继续适用。

公司章程通常是在股东协议的基础上根据公司法的要求而制定，股东协议的内容通常被公司章程所吸收，两者的规定理应是一致的，但因为公司登记注册的僵硬性等原因，公司登记部门往往不接受个性化的章程内容，而是要求公司按公司登记部门的统一格式版本制定公司章程，因此，实践中，往往出现公司章程规定的内容与股东协议内容不一致甚至相冲突的情况。

对于股东协议和公司章程的冲突处理，我国公司法对其他类型的公司的股东协议和公司章程发生冲突该如何处理，并没有明确规定。司法实践中处理此类案件也缺乏统一标准，笔者认为，解决这两者冲突的适用问题，关键是要看发生争议者之间的法律关系来确定适用。

如果是调整股东之间甚至包括身兼管理职责股东之间发生的争议关系，应当遵从股东之间的真实意思表示来确定适用具体的条款。公司为资合与人合的统一体，其实质为各股东间达成的一种合作意向和合作模式，仅为通过公司这个平台得以反映并得到规范的指引和运作。故股东协议应属于各股东的合意表示。只要股东间的协议体现了各股东的真实意思表示，且不违反法律、法规或与公司章程相冲突，就应当与公司章程具备同样的法律效力。

公司章程是对外公示的文件，具有对外效力，而股东协议的内容一般不为外人所知悉。因合理信赖公司章程与公司交易而受到损失者，应优先适用公司章程，不能以股东之间的约定而对抗外部法律关系。

总之，应充分尊重股东拟定股东协议和公司章程的法律自由，尽最大可能地维护股东协议和公司章程条款的有效性。两者之间发生冲突时，要关注争议者之间的法律关系，既要维护股东之间意思自治的自由，也要保护好第三人的合法权益。

创业者在作股权（表决权）设计时，要充分利用公司章程和股东协议的各自的特点和优势，首先尽量在公司章程中对公司股权进行科学明确的表述，如因公司章程因内容或格式方面的种种限制而无法完全实现创业者股权设计目的时，可充分利用股东协议这一载体对公司股权架构作出安排。